1) Guarda, vado un po' a memoria... ho un post salvato a casa dove viene spiegato tutto in maniera precisa, quindi al massimo se vedo di aver scritto qualche boiata te lo diro'
Il v-sync serve ad eliminare quella fastidiosa riga orizzontale che a volte "taglia" lo schermo a meta'.
Con il v-sync attivato pero' puo' accadere un problema, poiche' in caso di calo di frames (anche lievissimo) il gioco avra' bruschi rallentamenti, e per correggere questo problema (che non sono in grado di spiegarti in maniera comprensibile, ma potrai leggere nel post che ti avevo citato prima) bisogna attivare il Triple Buffering.
2) Forse se modifichi il percorso "Saves" in Config->Paths (e forse anche "Spc", ma non ne sono sicuro) riesci a mettere tutti quei files creati automaticamente in una cartella a parte.