Nella mia povera ed ingenua forma mentis, se all'inizio dell'installazione di Windows esce un errore che segnala l'impossibilità di leggere un file, ed il codice di errore segnala che non riesce a trovare i file di avvio, è probabile che il software scritto sulla chiavetta non è corretto oppure che l'hardware chiavetta non funziona perfettamente.
Quindi rifaccio la chiavetta o meglio ancora la sostituisco tout court.
Sostituendola acchiappo due piccioni con una fava, riscrivo l'installer e cambio l'hardware.
@PurPLe SKy: Per il momento direi che è tutto bene quel che finisce bene, se ci sono altri malfunzionamenti ne riparliamo