Il problema delle note da pdf a mobi l'ho avuto anche io.
Ora sto provando a passare, con Calibre, da pdf a epub. Poi uso Sigil per sistemare gli eventuali errori e poi passo a mobi.
Procedura un pò lunga...
Però lo sapevo... trasformare un pdf è sempre un'incognita. Se è semplice non ci sono problemi. Si invece ha note e immagini sono dolori.
Fortuna che pdf da leggere ne ho veramente pochi.