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Fai attenzione che di solito ci sono due voci diverse nel bios per abilitare Ahci del controller Intel e Ahci del controller jmicron. I driver di quest'ultimo si installano correttamente solo se AHCI è abilitato nel bios e troverai nella gestione hardware due diversi controller in più: un EIDE standard e uno scasi jmicron, oltre a quelli Intel.
Qiuanto al tipo di partizione non dovrebbe creare problemi, dato che l'ordine di boot è stabilito dal bios.
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