Il punto 3 è sbagliato, in MKVmerge va inserito
lo stesso valore rilevato da StreamExtractor, quindi nel tuo caso "-9".
Il valore
opposto lo si usa solo al punto 2 per annullare la correzione automatica.
Prima ho anche scambiato qualche mail con l'autore del programma (persona gentilissima, mi ha risposto subito) per chiedergli spiegazioni sul comportamento con delay negativo, mi ha confermato quello che pensavo, ovvero che Matroska NON supporta valori negativi!
ps. nella guida puoi anche dire che tutto sto lavoro è per i maniaci, dato che anche se lo si ignora completamente l'errore rimanente è comunque di pochi ms, impossibili da notare.