Fai una pulizia di Safari con questo software:
http://freemacsoft.net/appcleaner/
Trascini Safari lì, lo deselezioni in modo da non disinstallarlo ed elimini così tutti i file delle preferenze (occhio che perdi tutti i segnalibri etc).
Se non risolvi probabilmente non dipende da Safari in sé, quindi fai una scansione con questo:
https://it.malwarebytes.com/mac-download/