Che io sappia non sono conosciuti problemi di funzionamenti di NTFS.
Questo genere di problemi possono essere causati da una infinità di fattori: problemi hardware, problemi di configurazione hardware, driver, riavvii del PC incondizionati, o spegnimento anticipato dell'hard-disk nella fase di salvataggio dei dati.
Non esiste una sola causa, ma una molteplicità di cause.
Nel caso di 6maurino il registro di Windows è stato danneggiato per un motivo sconosciuto. La causa più probabile potrebbe essere una perdita di dati durante il salvataggio del registro, o un problema della RAM.
La reinstallazione di Windows ha causato la rigenerazione di un nuovo registro (e la perdita di praticamente tutte le impostazioni dell' OS).
L'ordine dei sistemi operativi in avvio è normale cambi dopo l'installazione o la re-installazione di Windows. Di standard l'utlimo OS installato tende a posizionarsi per primo nella lista. Ma questo è un problema risolvibile in un minuto.
E' possibile che tu sia ancora in tempo per seguire la procedura che ho riportato in questo thread (N° 1) e che "potrebbe" consentirti di recuperare il vecchio registro di sistema.