Ciao Matrus.
Niente e nessuno è mai banale. Nessuno è nato genio e chiunque ha il diritto di avere dubbi.
Risposte (sino a dove ritengo di esserne capace).
1) Prima
2) Io non so se con Virtualdub si può aggiungere dell'audio. Comunque sia se si può fare lo devi sicuramente fare prima della ricompressione. Detto ciò viene a cadere la tua paura di perdere la, diciamo, sincronizzazione.
3) Per questa domanda non so cosa risponderti perchè non l'ho capita bene: dopo aver ricompresso con Virtualdub, cosa vorresti fare con TMPGenc?
Comunque da quello che ho letto nelle guide chiarissime che hanno scritto i vari GURU di questo Forum, la ricompressione, qualunque sia il codec (mpeg1, mpeg2, DivX), è l'ultimo passaggio del tuo lavoro, che tu voglia creare un VCD, un SVCD o semplicemente riversare su VHS (spero di non aver detto un ca....a

)
Ciao e buona serata
Grunge