Ciao. Non conosco la routine di installazione di SUSE, ma se è simile all'anaconda di RH ad un certo punto chiederà di sovrascrivere l'MBR. Probabilmente tu hai scelto quest'ultima opzione, danneggiando l'MBR che adesso non può più essere ripristinato da Windows, perchè non riesce più a scriverci sopra. Installando Linux in dual boot con un filesystem NTFS bisogna CATEGORICAMENTE indicare all'installer di non installare nessun bootloader
sull'MBR esistente, ma solo sulla partizione UNIX ( di qualunque tipo tu l'abbia scelta ).
Dopo bisogna copiare il settore /boot di Linux ( sempre se SUSE è strutturata come RH ) in C:/ di Windows, e modificare il bootloader (come evidentemente tu hai già fatto), ovvero il file boot.ini di Win. Fossi in te io rifarei tutto da capo, onde evitare instabilità ed errori continui di sistema. Il solo ripristino mi sembra inefficace, in quanto Win tende a lasciare immutata la configurazione dell'MBR, e a sostituire solo ciò che riguarda il SO. L'MBR viene riscritto solo in caso di ripartizionamento totale dell'HD
