per il bootloader non c'è niente da fare, finchè non installi il beos in una vera partizione befs te lo tieni su dischetto (se usi l'installer questo ti permette di installarlo in una partizione apposita, e quindi ti mette anche il bootloader)
per la gf2 non ti saprei dire, beos è più vecchio delle geforce quindi non credo siano supportate nativamente... prova a dare un'occhiata qua
http://www.computing.net/beos/wwwboard/forum/132.html
c'è un tipo con un problema simile al tuo con la geffo 2 mx
per le applicazioni beh... su bebits ti puoi sbizzarrire
(e d'altronde tieni conto che il so quando lo scarichi tiene una cinquantina di mega
)