[eraclitus]

Dunque l'S3 a cui ti riferisci è la modalità in cui si comporta il pc quando lo mandi in standby (la modalità S3 spegne tutto, ventole comprese, lascia alimentato solo keyb, mouse, il WOL se ce l'hai e le porte USB se glielo dici).
Per abilitare l'alimentazione anche in modalità stdby delle porte usb devi cercare nel bios, o meglio nel manuale della mobo quale sia la voce da spuntare.