[dupa]

Su garzanti linguistica dà:

Alternato

part. pass. di alternare
¶ agg. che si alterna, che si avvicenda: colori alternati | rima alternata, (metr.) rima di una strofa in cui i versi dispari rimano con i dispari e i pari con i pari | corrente alternata, (elettr.) di verso e intensità periodicamente variabili
§ alternatamente avv.

Alternativo

agg.
1 che si alterna; alternato: moto alternativo, che va ora in un verso, ora in quello opposto | macchina alternativa, (mecc.) macchina motrice od operatrice dotata di un sistema che trasforma il moto rettilineo alternativo in moto rotatorio continuo o viceversa
2 che pone un'alternativa, una scelta: soluzioni alternative
3 si dice di espressione o manifestazione culturale, politica, sociale che si contrappone a quelle correnti o dominanti: cinema alternativo; medicina alternativa
§ alternativamente avv.


Quindi, da quello che ho capito, a quanto pare per esprimere due cose si fanno prima una e poi l'altra, si possono usare entrambe le parole, anche se "alternativamente" ha un doppio significato e quindi è meno chiaro.