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non conosco il programma in questione, ma generalmente un'applicazione web si distribuisce come file WAR (contenente jsp, servlet e file di configurazione e di supporto, pagine html, immmagini ecc.ecc.) e se c'e' un database con una DDL per creare la struttura e con una export dei dati per popolarlo.
Il file WAR viene installato seguendo la procedura prevista dall'application server. Nel caso di tomcat può bastare anche uno zip della directory che contiene la webapplication, anche se col primo caso ottieni un risultato più professionale.
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