Secondo me č un problema di audio... infatti in console si ferma a "sound initialization" lo stesso problema me lo dava con Enemy Territory (che condivide con quake un bel po' di codice). Io ho risolto (su ET, quake non mi ha dato problemi) tramite questo howto
http://www.ubuntuforums.org/showthread.php?t=8882
in versione italiana sul blog di DierRe,
QUI.
Oppure, sempre mentre cercavo soluzioni al tempo ceh fu, mi imbattei abbastanza spesso in un suggerimento che diceva di eseguire il comando
echo "quake3.x86 0 0 direct" > /proc/asound/card0/pcm0p/oss
seguito (o preceduto) da un comando simile... prova a vedere se la grande G viene in tuo aiuto...