Tutte le distribuzioni Linux dal kernel 2.4 in poi includono un sistema firewall detto iptables.
http://www.netfilter.org/
Alcune distro, tipo la SuSE chiedono di attivarlo durante l'installazione, alttre, tipo Debian, lasciano la scelta all'utente.
Ci sono regoline 'di base' che permettono una blindatura ottima a livello home.
Le cose diventano più delicate se si ha un web server, mail server o ftp.
Diciamo che in questi ultimi ... mmm ... 5-6 anni non mi sembra di aver preso mai un virus su Linux o ricevuto spyware, malware o che qualcuno mi abbia piazzato di Trojan o Backdoors.
Non posso dire altrettanto di Windows.