Il problema principale secondo me è un altro...non avendo distinzioni tra ingresso ed uscita, nel caso tu abbia 3 rilevazioni per un singolo giorno...che fai? Hai pensato alla politica da adottare in un caso del genere?
Fare calcoli con le date non è un problema....ma sarebbe meglio se tu le memorizzassi come Date appunto
Ci sono numerose funzioni su MySQL per farsi fare la differenze o la somma tra due date o per inserirle/convertirle un po' in tutti i formati...
Oppure le memorizzi come testo e ti scrivi la tua funzioncina da usare quando le recuperi per tradurle in qualcosa di decente con cui fare i calcoli (magari il classico: "secondi dal 1970").
Qui trovi la documentazione su MySQL:
http://mirror.tomato.it/mysql/Downlo.../manual-a4.pdf (mirror italiano, PDF in inglese da circa 8mb)