se è un problema solo di audio ti consiglio:
womble mpeg video wizard
http://www.womble.com/
che in una finestra ti mette a disposizione la barra dell'audio da fare slittare avanti o indietro per correggere il problema.
Ma io credo che dovresti notare anche un problema nel video e cioè il video va un pochino a scatti.E allora ti consiglio questo programma
http://www.trustfm.net/divx/SoftwareAvi2Dvd.html
con l'opzione ntsc to pal