Ciao,
non è per nulla facile fare una diagnosi
La prima cosa che mi viene in mente è l'alimentatore... può darsi che con un carico di lavoro elevato (la cpu a pieno carico assorbe molta corrente) qualche tensione si abbassi un po' troppo e faccia cedere la scheda di rete
E' una scheda integrata nella MoBo oppure è una PCI? Hai provato con un'altra scheda di rete? Potresti provare ad installare qualche software per monitorare le tensioni dell'ali e vedere quando sconnette se qualcuna va sotto il livello di guardia. Per caso sei overcloccato?
Altra cosa (ma non credo). Hai controllato bene virus trojan, schifezze varie?