Direi che è ok.
Perchè se (ipotizzo che gli Hd siano almeno ata100) tu mettessi una periferica (es DVD) in master su un canale e sullo stesso in slave uno dei Hd, il disco rigido sarebbe limitato dalla velocità massima del lettore dvd (33-66).
Potresti cambiare configurazione solo se avessi problemi nella visione dei dvd oppure nella copia/masterizzazione.
Così risparmi anche per i cavetti