non penso di aver capito alla perfezione il tuo problema.
ad ogni modo, puoi dare un'occhiata ad xlink
http://www.w3.org/TR/xlink/ che serve a definire link in un documento xml, e xpointer
http://www.w3.org/TR/WD-xptr che serve invece a specificare parti interne al documento stesso.
probabilmente ti puo' tornare utile anche xquery
http://www.w3.org/TR/xquery/