Dire che abbia capito tutto mi sembra un po' avventato, ma, se tu dici che con questi 2 programmi posso fare quello che mi serve (
confermi? l'accendiamo? 
), allora tento l'impresa...
Mi hai lasciato però con un dubbio. Tu hai detto che questi 2 software sono potenzialmente distruttivi (specialmente SyncBack)... ma... in cosa possono esserlo? Cioè: che mi possono fare al massimo?
Certo se se ci sarebbe una via alternativa per fare quello che mi serve senza ricorrere a questo doppio lavoro (doppio software), che per di più può fare anche danno...

Non ti viene in mente nient'altro?