mmmhh... io mi ricordo che una volta ho fatto una cosa del genere (su diverse partizioni dello stesso disco, ma è lo stesso):
ho fatto il boot con knoppix, ho montato i device (es: hdf1 -> /mnt/root_installazione_debian e hdf3 -> /mnt/nuova_installazione) ed ho fatto un 'semplice' cp -a /mnt/root_installazione_debian /mnt/nuova_installazione.
praticamente ho copiato tutto dalla root originale a quella nuova.
utilizzando -a ti copia permessi e owner.
poi ti aggiusti lilo (o grub), se necessario.
l'ho fatto un po' di tempo fa... ti consiglio di fare delle prove prima
ciao