Come come come?!?! FAT32 non supporta file troppo grossi?
NTFS evita di usarla in Linux, finchè è in lettura ok ma non provare a scriverci sopra rischi di fare danni.
Io attualmente sto usando una FAT32 sia come partizione logica dove salvo i dati sia nell'HD USB e non ho avuto mai problemi con file "grossi"... bisogna vedere però cosa intendi per " file grosso"...