Tieni a mente che tutti gli input che dai da tastiera, sono stringhe.
Se ricordo bene, la classe Integer dovrebbe avere un metodo statico parseInt fatto apposta per convertire l'output di uno stream di testo in un int; l'input dovrebbe essere un riferimento a BufferedReader, ma non ne sono sicuro. In pratica, la strategia e' una cosa del tipo:
Codice PHP:
BufferedReader reader = new
BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
int i = Integer.parseInt(reader);
Ribadisco che non ne sono del tutto sicuro (e' da parecchio che non uso Java): prova a dare un'occhiata alla documentazione.