Serializzare un oggetto che e' un XML e' logicamente equivalente a riscriverlo in XML, e analogamente per la lettura.
Se le operazioni sull'XML sono tutte sul server, lato client non parsare nemmeno il file, ma passalo al server come Stringa XML.
Se invece vuoi usare la serializzazione java, API come jdom e dom4j hanno i nodi e gli elementi serializzabili. Con il W3C DOM mi sa che invece bisogna per forza riserializzare in XML (Cmq le performance di parsing e write dell'xml dovrebbero essere comparabili a quelle di serializzazione/deserializzazione, se non migliori. Ci vorrebbero dei benchmarks..)
Ciao
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