Potresti provare a far leggere il pdf ad abby finereader (o similari), funziona molto bene. Poi puoi direttamente salvare su foglio excel. Però secondo me ti conviene fare un copia e incolla dal batch di abby al foglio excel, secondo me è meglio. Se puoi essere più preciso su cosa effettivamente devi fare magari ti posso essere più d'aiuto.
P.S.: non so quanto costa abby ...