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Non farei così. Cambierei tutte le chiamate a fread/fwrite/ecc. a tue funzioni di comodo, che implementano la lettura da memoria. Così ti astrai da "dove vengono i dati".
Il tuo "piccolo processore" è sufficientemente grande da eseguire un sistema operativo o è proprio "piccolo"?
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0: or %edi, %ecx; adc %eax, (%edx); popf; je 0b-22; pop %ebx; fadds 0x56(%ecx); lds 0x56(%ebx), %esp; mov %al, %al
andeqs pc, r1, #147456; blpl 0xff8dd280; ldrgtb r4, [r6, #-472]; addgt r5, r8, r3, ror #12
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