Guarda, ho già sentito dire in giro che spesso le porte frontali non funzionano a dovere.... non mi pare di aver letto il xchè xò.
Rimedi possibili? reinstalla (magari scricati quelli aggiornati) i driver usb della mobo.
Dai uno sguardo nel bios sull'attivazione delle porte usb.... lo so le tue frontali le hai attivate xchè altre periferiche vanno.... xò in quella sezione del bios potresti trovare altri settaggi utili: tipo imposta il tipo di periferica usb: mass storage usb.... od altro. Non ricordo bene le voci del mio bios, ma in effetti mi dava alcune opzioni... tra cui emual la periferica di archiviazione usb come fosse un cd rom -e non andava-, come fosse un hd, come fosse un fdd.. etc. Insomma prova a smanettarci un po' (e magari non tutti i settaggi sono nella stessa voce).
Spesso delle -ormai- tante prese usb sulla mobo (la mia P4P800 SE ne ha 8!!

, ma solo 2 seriali con le quali regolarmente mi scanno xchè non mi bastano mai -ed una delle 2 è già usata prendendo l'espansione... non ha il connettore suo sul back panel della mobo

-) alcune prese usb non funzionano: ad es io ho avuto 2 periferiche usb nuove (e fra un po' ci sarà pure la stampante): allora ho attivato 4 porte usb anzicchè le 2 che prima mi bastavano (ne attivai 2 x avere il pc + snello). Ebbene, se da bios abilito 2 o 6 porte usb la chiavetta riesce a caricare il dos, con 4 porte abilitate no (almeno nella posizione in cui ho messo mouse e pen drive; forse cambiando posizione riesco ad avviare da dos anche con 4 porte abilitate).
Questo x dirti che lo standard usb è spesso molto meno plug and play di quello che si dice.
Ultimo suggerimento: da gestione risorse vai su periferiche con problemi -magari prova sia con chiavetta inserita nelle usb frontali che senza connetterla al pc e poi magari connettila pure alle porte posteriori); vedi se ti dice che ci sono periferiche con problemi, e quali essi siano.