1- Portaudit ti serve solo per controllare se il port ha dei problemi di sicurezza, e non vedo perchè dovrebbe minacciare la tua macchina
2- Per aggiornare il software, prima devi aggiornare l'albero dei ports con tools come cvsup. Fatto ciò, con portupgrade -ra ti upgradi tutti i software

Per installare i precompilati: pkg_add -r $package