Cioè se ho capito bene tu vorresti cambiare il filesystem sotto i piedi ai dati, senza copiarli/spostarli? Un po' come in Windows puoi convertire una partizione FAT32 in NTFS? Non credo che si possa fare.
Se crei nuove partizioni avrai nuovi device (in /dev) che dovrai montare in nuove posizioni (sotto /mnt). In un sistema linux esiste un unica root / sotto la quale trovi tutto ciò che può comunicare col tuo sistema.
Sotto DOS/Windows siamo abituati che il punto di partenza è C: e possono esistere più punti di partenza (D:, E:, ...) ma per Linux non è così, in Linux c'è... il sistema