Non ho capito il problema delle maiuscole... se sposti dal pc al mac, copierai prima da pc a chiavetta e in questo caso sara' il pc a creare le cartelle con l'iniziale maiuscola, o no?
Viceversa, invece, non ci dovrebbero essere problemi, win non e' case sensitive.
Per i file nascosti che crea il mac, penso ti riferisca al .DS_Store.
Il file contiene le impostazioni di visualizzazione della directory su mac, niente dati sensibili.
La gente c'ha, ormai, la fobia dei dati sensibili. Sarebbe curioso, anzi che no, un sistema che va a copiare dati sensibili in ogni directory che apre
Saluti