Ave!
Per i client non importa quale sia il filesystem che usi sul server: se hai un server linux devi usare un filesystem leggibile e scrivibile da linux, e questo è tutto quello che conta, perchè il filesystem, sul server, è locale -- quindi è il sistema operativo locale (del server) che se lo deve smazzare.
Quindi vanno bene un ext3 o un reiserfs, ad esmpio, che sono filesystem journalled e se ti va giù malamente la macchina non perdi niente (beh, di solito
). Io uso reiserfs da una vita e va da dio.
Per quanto riguarda i client, samba non è altro che un protocollo per il colloquio tra le machine, e i client vedono solo quello che tu decidi di far vedere loro: puoi decidere di mantenere i permessi che hanno i files nativamente sul filesystem sul server, o introdurre altre restrizioni, ma dubito fortemente che, se un file sul server è leggibile solo dall'utente che lo ha creato (ad esempio), tu possa renderlo leggibile da tutti solo usando samba.
Magari i client lo vedono, ma quanto ad aprirlo è un altro paio di maniche.
Ciao.