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Consiglio anch'io di lasciare NTFS.
La FAT32 e' leggermente piu' veloce, ma e' meno sicura e piu' soggetta a crash dovuti alla ridondanza dei file, sovente puo' capitare che questo vecchio file system scriva dei dati dove non dovrebbe, dove sono gia' presenti dati memorizzati, provocando cosi' l'avvio di scandisk e susseguente perdita dei dati. Inoltre la massima capacita' supportata dalla FAT32 e' 32GB, quindi a meno che non si usino degli speciali programmi forniti dai produttori dello specifico HardDisk installato sulla macchina, partizioni piu' grandi non e' possibile crearne (e non sono nemmeno sicuro che cio' si possa fare).
In molti casi e' preferibile installare su NTFS Windows XP e su una partizione creata su FAT32 Windows98 o Linux o quello che vuoi.
Ricordando comunque che nel caso di sistemi come W98 la partizione NTFS risultera' invisibile in quanto non supportata-riconosciuta.
Se la tua copia di Linux supporta NTFS lascia formattato con questo FS.
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