Quella dei bicchieri è un discorso di frequenza. In pratica ogni oggetto ha una sua frequenza di risonanza alla quale vibra naturalmente quando è sottoposto ad un'eccitazione (esiste lo stesso principio nei circuiti elettrici): se tu gli fornisci un segnale esattamente a quella frequenza le oscillazioni si sommano fino eventualmente ad arrivare alla distruzione dell'oggetto in questione.
Riguardo al come danneggiare la materia... beh, un'onda sonora è semplicemente un'onda di compressione e decompressione. Anche un'esplosione è un'onda sonora... per cui è facile immaginare come possa fare a danneggiare qualcosa.
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