il bios della tua mainboard deve essere predisposto per il riconoscimento delle unità storage e quindi ti deve dare la possibilità di scegliere tale unità per il boot.
Il discorso file di avvio viene dopo.
Se hai già preso tale accorgimento invece di copiare i file avvia l'interprete da start -> esegui -> command e prova con sys x: (x = unità della penna)
Ciau.
edito: ovviamente sys x: vale solo con win98
