Non c'e' un file system migliore, dipende dalle esigenze.
FAT(16) e' piu' veloce del 6-7 % rispetto a FAT32, quest'ultimo a sua volta piu' veloce di NTFS. Peccato che le partizioni FAT16 possano arrivare fino a un massimo di 2GB. Pero' per la prima partizione primaria userei FAT16, specie con per uso Dos (che puo' sempre servire, specie in casi di emergenza).
Le partizioni FAT32 partono da un minimo di 528 MB.
Secondo alcuni esperti, FAT (16 e 32) per l'audio sarebbero piu' raccomandabili, perche' in acquisizione con NTFS ci sarebbero dei click assenti in FAT16/32; comunque penso dipenda anche dalla scheda audio, dai loro driver ecc. Come al solito le esigenze dell'audio sono opposte a quelle del video
C'e' da dire che in Windows 2000 (e mi pare anche in Windows XP) non sono riconosciute partizioni FAT32 oltre i 32 GB, sopra quella dimensione tocca formattarle in NTFS.
Oltre per editing video, come fatto notare da aXio, un altro motivo per usare NTFS e' dato dalla sempre maggiore frequenza di files oltre gli 1 e 2GB, specialmente sui file sharing e sui siti web.
Viceversa NTFS e' poco flessibile con molti sistemi operativi: in Dos non puoi accedere a una partizione NTFS; in Linux si', ma solo in lettura. Ecco perche' penso sia bene avere sullo stesso disco C: in FAT 16 (con un software di multiboot) e altre 2 partizioni primarie rispettivamente FAT32 e NTFS.
Era meglio che questa discussione la aprivi nell'apposita sezione: Software -Windows & DirectX