sinceramente non consoco software per fare ciò con il pinguino però so dire(anche per esperienza) che a volte l'overclock da problemi tipo errori di compilazione
(dipende poi dall'hardware e dall'overclock).
prova ad aggiornare il bios e vedi se con al versione + recente ti è possibile agire direttamente,altrimenti prova a girare quel software che usavi con windows con wine e vedi se ti è possibile fare lo stesso con linux(probabilmente non andrà,però...)