controlla il path di apxs (non penso sia in /usr/bin) e controlla se perl e' installato (se hai usato rpm, rpm -aq | grep perl).
comunque per compilare i moduli per Apache (tra cui mod_php) mi pare tu debba abilitare anche il modulo "so".
Ciao
EDIT:
Rileggendo l'errore si vede proprio un not such file or directory, fai un find / -name apxs e se non trova niente, ricompila apache con --enable-module=so
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