No, non occorre fare due partizioni.
Fdisk a un certo punto ti chiede se vuoi usare tutta la capienza per la partizione (beh non usa queste parole

) e se vuoi attivarla..........rispondi di si' e formatta, se le zone dannegiate non sono molte dovrebbero essere automaticamente recuperate.....
Se invece la formattazione non arriva a termine, rientra in fdisk, cancella la partizione esistente (dovevi farlo anche prima) e quando ti chiede se vuoi usare tutta la capienza rispondi di no e immetti un valore lievemente minore del max, riavvia e riprova a formattare..........se neanche cosi' la formattazione arriva a termine, rifai tutto mettendo un valore ancora inferiore.
Ciao.