è probabile che nella partizione FAT32 ci fossero i file del boot loader.
Puoi:
- utilizzare la funzione di ripristino dell'installazione di windows per aggiustare il boot loader. o magari anche dalla console di ripristino, credo basti un FIXBOOT, copiare NTLDR e un boot.ini appropriato, ma non sono sicuro dei comandi esatti da fare
- usare programmi su cd tipo Knoppix o Bart PE per ripristinarlo
- fare l'operazione su un altro sistema / disco con installato un windows. in questo modo puoi anche travasare i dati
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