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Ti confermo che il ctrl on board è più performante dell'altro, il promise, in genere.
Per il tipo di raid che devi fare tu, il ctrl ha solo funzione di smistamento (duplicazione) delle istruzioni verso i due dischi, quindi non fa un grosso lavoro e quindi non ci sono poi grandi differenze tra uno o un'altro.
Nei casi invece (tipo raid 5) in cui il ctrl deve calcolare la parità, allora uno più "dotato" sarà sicuramente più performante.
Se devi farlo per 2 dischi, credo che la spesa migliore sia un ctrl sata su pci, costano poco e vanno alla grande.
Cambiare mobo solo per questo, mi sembra sprecato (quella che indichi è ottima e molto diffusa); allo stesso modo mi sembrerebbe stupido resuscitare una vecchia mobo solo per il suo ctrl raid (ide anche! ...non che ci sia sta differenza, poi...)
Quindi io ti direi di prender la scheda pci, costa qualche decina di euro e risolvi alla grande.

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