Ho trovato finalmente una programma opensource per Java. Si chiama
JavaBayes!! Anche se non si presenta bene (dal 2002 non ci sono più aggiornamenti e lo sviluppo sembra abbandonato), per me va benissimo. Include anche EBayes, un ambiente embedded per Java, ovvero quello che utilizzerò nel mio programma. Non è il massimo, ma meglio di niente...

Cmq se qualcuno conosce qualche altro programma migliore di questo lo dica: sono curioso di sapere se esiste qualche programma free in questo campo, in grado di competere con software come Hugin o Netica.
Be', vado a provare più approfonditamente JavaBayes, anche se a prima vista sembra tutto ok...
Ciao ciao