Può essere che si siano persi dei dati anche nella partizione secondaria, anzi molto probabile.Tu hai formattato solo la partizione di sistema, vero?
Per evitare blocchi e problemi vari, soprattutto se i giochi ed applicativi vari sono installati sulla seconda partizione, ti conviene riformattare anche questa, se non lo hai già fatto, previa salvataggio dei dati importanti.
Non credo che la mobo si sia danneggiata in questa situazione, al max (come è successo) avrai perdita di dati.
Se vuoi controllare approfonditamente lo stato del tuo HD, utilizza uno di quei programmi di diagnostica messi a disposizione dal costruttore, e downloadabili dal rispettivo sito, ad es. PowerMax x i Quantum/Maxtor...
Spero di esserti stato d'aiuto
Ciao
Qnick
P.S.:Benvenuto nel forum