Ci sono degli strumenti esterni per fare degli eseguibili Windows (praticamente tutti i tool di sviluppo tipo Visual Café di Symantec, Visual J++ ecc.). Se vuoi provare ti segnalo
questo link, dove trovi una demo (non l'ho provata).
Convertendo il tutto in file *.exe perdi la portabilità dell'applicazione, cosa che invece mantieni se utilizzi un archivio eseguibile *.jar (un "normale" archivio jar che contiene tutti i dati dell'applicazione e ne permette l'esecuzione senza la linea di comando, in pratica si comporta come un *.exe solo che è indipendente dalla piattaforma). Se ti interessano gli eseguibili *.jar c'è una discussione aperta su questo forum. Se preferisci una sintesi scrivi.
Ciao.