Con emule non ci sono problemi ti copi la cartella e poi la rimetti dove vuoi,con winmx non so perchè non lo uso,ma credo che funzioni allo stesso modo.
P.S. ma hai una sola partizione? Io ti consiglio di mettere emule su una partizione diversa da quella dove hai installato il S.O. così in caso di reinstallazione non devi fare nessuno spostamento
