Essenzialmente tra SATA e PATA non vi è una sostanziale differenza prestazionale, l'affidabilità è la stessa.
In genere le mobo sono dotate di controller SATA RAID, un raid 1 farebbe al caso tuo, il mio consiglio è prendere una mobo dotata di southbridge ICH5R che permette di gestire 2 canali SATA impostabili in raid 0,1 o dischi singoli, il vantaggio del controller intel è che appoggiandosi ad un bus proprietario, non ha il collo di bottiglia del PCI.
Rinnovo quindi il consiglio di una mobo con chipset i865G (preferibilmente un modello Intel, dall'ottima qualità), un paio di moduli di PC3200 da mettere in dual (almeno 512mb, ma per essere sicuri puoi mettere un giga direttamente, non so quanto le tue applicazioni sono esose di ram) e south ICH5R, con due dischi SATA da mettere in raid 1 (mirroring, ti dà gran sicurezza, visto oltretutto che è un server), non necessariamente i raptor da 10000 rpm, ma credo che anche dei normali 7200rpm siano adeguati, ovviamente se riesci a farci stare i raptor nel budget, tanto meglio

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Come procio il celly D credo che vada più che bene, anche alla frequenza minima, per il lavoro che deve fare. Sceglierei un alimentatore di marca (come enermax), anche un 350W sarà più che adeguato, la qualità dell'alimentatore è però fondamentale in un server. La sch. video è già itegrata nel northbridge, siccome non è assolutamente importante, impostagli il quantitativo minimo di memoria video "rubata" alla ram

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