...allora da quello che ho capito io sul boot.ini dovresti fare così:
[boot loader]
timeout=9
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINNT="Win98_A" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(3)\WINNT="Win98_B" /fastdetect
...ovviamente potrei aver scritto una vaccata enormemente enorme(ed è quasi certamente così....vado ad occhio

), però credo che potrebbe funzionare....credo
p.s. si....in effetti riragionandoci a mente lucida credo di aver scritto proprio una vaccata enormemente enorme....