prova a scansionare l'HD con un antivirus online..ottimi quelli di panda e trend micro...
...a volte è meglio non fidarsi solo di quello che dice il proprio AV
In ogni caso..io nel tuo caso..avrei già formattato al volo...
50 GB..son davvero troppi e oltretutto stranissimi...
PS che SO hai e che file system utilizzi??
Hai usato di recente partition magic forse e magari già la partizone era occupata???