se hai uasto il "metodo debian" per compilare il kernel dovresti avere il file con la configurazione in /boot/config-%versione-kernel. prendi quel file e lo copi dentro la certella dei sorgenti danfogli il nome .config. ora quando dai make menuconfig o compili il kernel usera la vecchia configurazione.
per la patch dovrebbe esserci uno script di nome apply nella sua sotto directory. esegui quello e ci pensa lui a patcheare i sorgenti del kenel.
ciao