personalmente se il pc è incasinato da installazioni andate a male, collegamenti sparsi, file dimenticati, regedit ultrapieno di inutilità così come altre cartelle di sistema... un bel format è la soluzione ideale.
Ovviamente ci vuole il suo tempo per reinstallare tutto, ma se l'hardware non è cambiato molto ed hai avuto l'accortezza di fare un bel backup dopo l'installazione dell'os, driver e programmi essenziali, ti facilita di molto il lavoro.
Se invece c'è solo qualche piccolo problemino e non hai voglia e tempo di formattare prova a ripristinarlo solo col backup e dovrebbe andare bene, al massimo, male che vada, hai perso quei 20-30minuti senza risolvere il problema, anche se quando mi capitano dei piccoli problemi 1-2 mesi dopo il format preferisco utilizzare addirittura il "ripristino config di sistema" di winxp, e spesso va bene, quindi non vedo perchè usando il backup dovrebbe andare proprio male.